가장 중요한 박물관 코스로는 말라카냥궁과 National Museum을 들수있다. 말라카냥궁 이름의 유래를 살펴보면 가장 유력한 유래로는 “고귀한 사람이 거주하는 곳”이라는 뜻의 따갈로그어 “May lakan diyan”에서 유래되었다는것이다.
말라캬냥은 원래 사유 재산이었으나 1825년 스페인 정부에 매각되었다. 그 다음부터 정부 관료의 여름 거주지로 사용되는 Bahay-na-bato(바하이 나 바토)로 이용되어온 말라카냥은 1860년대 지진으로 인해 인트라무로스 내 정부관료 청사가 붕괴된 이후로 애용되었다.
백여년동안 말라카냥에서는 14명의 스페인 정부관료들이 거쳐갔으며 13명의 미국 정부관료, 13명의 대통령들이 거쳐갔다.

코리 아퀴노 전대통령이 집무할 당시 그녀는 이곳을 마르코스의 당시 생활용품이 전시된 역사 박물관과 같은 취지로 시민들에게 말라카냥을 개방했다.
라모스 대통령은 말라카냥 박물관을 이멜다 여사의 신발과 소장된 드레스 등을 보는수준에서 한차원 높여 각 방마다 말라카냥에 거주했던 사람들의 코너를 마련 이곳을 찾는 이들에게 말라나냥에서 거주한 이들의 모습을 특색있게 설명했다.

현재 말라카냥궁은 에스트라다 대통령과 아로요 대통령의 집권과 함께 그 문을 닫았다.
만약 돌아볼 시간이 있다면 마비니 기념관을 들려보기를 바란다.
이곳은 혁명정부에서 최고 수뇌이자 에밀리오 아귀날도의 직속 고문관으로 활동했던 아폴리나리오 마비니의 자택이었다.
1968년도 사적지로 공인되었으며 그의 생존당시 고가구, 도기 및 식기류, 부엌의 모습이 담긴 사진들과 필리핀 혁명의 수뇌역활을 한 마비니의 기록이 있다.


마비니 기념관을 방문한 후에는 National Museum을 찾아보자.
National Museum은 필리핀 예술작품들과 예술활성화를 위해 1901년 설립되었으나 정부기관 이곳 저곳으로 계속 이동을 거듭했으며 제2차 세계대전당시 많은 작품들이 훼손되기도 했다.
1978년, 구 상원건물로 정착되었으나 낡은 건물속에 방치되는 동안 햇빛과 먼지에 훼손되어 갔으며 작품명 또한 몇몇 작품에서는 기록조차 찾아볼 수 없을 정도의 열악한 환경을 지속해 왔다.

최근들어 시작된 National Museum 재정비 사업을 통해 소장작품들이 3개 건물에 나누어 배치되는데 전 상원건물은 National Gallery of Art로 새단장 되고 있으며 재정부 건물은 Museum of the Pilipino People로, Department of Tourism building은 National Museum of Nature로 단장되어 작품 성격에 따라 분리되어 관람객들의 편의를 돕도록 정비되고있다.
산디에고(San Diego)에서는 마닐라에서 남서쪽으로 50km떨어진 지점에 침몰한 16세기 스페인 무역선에서 발견된 물건들을 함께 전시해 놓고있기도 하다.

영어와 필리핀 어로 들려주는 방송에는 당시 건설된 배에 대한 여러가지 애환도 함께 설명해 주며 11세기에 사용되었던 도자기, 석공예 제품, 식기류 등이 장식되어 있다. 이는 필리핀이 5세기동안 서구문물을 아시아에 전달하는 관문으로 활동했슴을 설명한다.